eDNA analiza

[Mica Milovanovic]

Na slivu Dunava svakih 6 godina rade se istraživanja stanja kvaliteta voda (takozvani JDS - Joint Danube Survey) gde se po jedinstvenoj metodologiji radi uzorkovanje vode, sedimenta, živog sveta itd.


Ono što će ovog puta biti novo je takozvana eDNA analiza - nešto što meni i dalje zvuči kao naučna fanastika. Ali nauka ide dalje:


https://en.wikipedia.org/wiki/Environmental_DNA

[scallop]

Problem sa bilokojim surway DNA monitoringom je bio i biće sampling. Za pouzdane rezultate neophodan je pouzdan uzorak, a mi ni sa strukurom DNA nismo načisto. Zato to jeste SF, mogao bih da napišem priču o budućem diferenciranju stanovnika Srbije za i protiv Vučića. Ne bi bilo problema sa uzorkovanjem, kenjamo ko nezdravi.

[Mica Milovanovic]

Ha. To sam im i ja pričao. Tvrde suprotno. Videću rezultate, pa ću da vas obavestim.

[Petronije]

Imam jedno pitanje koje može biti vezano za temu. Na kablovskoj sam gledao neku emisiju o evropskom somu, u kojoj se navode primeri vodotokova koji su prezasićeni teškim metalima i azotom (industrija i veštačko đubrivo). Somovi su prenamoženi jer apsorbuju i zadržavaju te štetne materije u masti, niko ih ne jede, samo ih pecaju i vraćaju. Pošto Mića spominje kontrolu kvaliteta Dunava, a znamo koliko je Dunavski som skupa i tražena roba, zanima me da li su ti podaci negde javno dostupni (pošto piše da se uzimaju i uzorci živog sveta) i može li se uopšte verovati ovakvim emisijama ili malo, što bi se reklo, maste ? Poznato je da je većina, ako ne i sva riba iz reke Po u Italiji, nejestiva upravo zbog toga.

[Mica Milovanovic]

Da. Ima tih ispitivanja kod nas. Javno su dostupni. Rade to ljudi sa Biološkog fakulteta i Instituta Siniša Stanković. Veoma kvalitetni ljudi. Evo ti jednog skorašnjeg rada. Imaš na njemu u literaturi linkove na mnogo radova na tu temu, ako želiš da detaljnije istražuješ.

https://www.researchgate.net/publication/256928407_Heavy_metal_and_trace_element_bioaccumulation_in_target_issues_of_four_edible_fish_species_from_the_Danube_River_Serbia

[Petronije]

 


Zaključak je da Šaran, Som, Smuđ, Manić (ovo je zanimljivo, nema štuke, bucova i bandara a ima manića koji je zapravo som, slabo se ribolovi i jede u odnosu na druge ribe, ima ga znatno manje i zvanično je pod zaštitom, itd...) imaju teških metala u jetri, mišićima i gljivicama (? "gills") čije količine ne prelaze propisane, ali je živa blizu maksimuma i stoga se baš i ne preporučuje konzumacija ovih riba ?!?


Sad treba uporediti rezultate sa rezultatima istraživanja nekih drugih vodotokova, i videti gde smo, i da li je i koliko opasno to prisustvo teških metala u mesu ribe, jer ga definitivno ima.

[scallop]

Bravo, Petronije! Sve si udeverao osim škrga. Gills su škrge. Njih ionako prve bacamo. Mogao bih da pričam o tome kako se čitaju naučni radovi ili kako sam ih ja čitao kad sam bio pametan, a ne glup kao danas. Važno si video. S'n ti krkaj kad upecaš.

[Petronije]

Škrge, hvala Skalope. Pretpostavljam da povremeno krkanje dunavske sveže ribe ne može biti štetnije od udisanja vazduha obogaćenog južnom industrijskim zonom. A sigurno je ukusnije.

EDIT: Zaboravio sam da spomenem deveriku koja je itekako zastupljena u tanjiračama i ima je dosta u Dunavu. Mogli su i nju pre manića.

Sent from my Le X626 using Tapatalk

[Mica Milovanovic]

Petronije, batali puno čitanja, osim ako nemaš naučnih ambicija. Scallop ti je mudra školjka, koju valja slušati. Neće ti ništa biti ako popapaš to što što upecaš u Dunavu...

[Petronije]

To me je i zanimalo, neki osnovni podaci i realno stanje, kakvo crno čitanje naučnih radova. Pročitao uvod i tabele, dovoljno. [emoji4][emoji106]

A Skalopa u vezi ovakvih stvari uvek poslušam. [emoji106]

Sent from my Le X626 using Tapatalk

[scallop]

Hvala, Mićo na razumevanju. Problem sa istraživanjima je uvek u obimu. Tri tačke uzorkovanja, ono šta je ulovljeno se i analizira. Računa se da se istraživanja u svetu mogu sabirati, ali to je jako zahtevan proces i u mnogim istraživanjima rezultati dofarbani. Ja sam u svojim davnim čitanjima imao tri kriterijuma ocene pročitanog. Najnepouzdaniji su radovi gde su samo pobrojani rezultati, nešto su uverljiviji kad su složeni u dijagrame, a verovatno tačni kad se odrede matematičkim formulama.


Zato samo jedna stara pričica. Jedne davne godine, negde na obali Atlantika, kod Glostera, tamo gde postoji spomenik ribarima postradalim u noristerima, kupali smo se porodično i onako zaludan primetio sam da u šljunku plićaka ima bezbroj dagnji, mušula ili kako ih već ko zove. Jake plime i oseke im to omogućavaju. Čarlsova ujna inače okeanograf reče nam da su zagađene i da nisu za jelo. Onako glup kakav sam dohvatim kesu i počnem da ih skupljam, a moja kćerka, doktor nauka sa Rokfeler univerziteta, nađe još veću, pa nakupimo za gozbu. Nešto smo pojeli u Georgtownu gde smo odseli, a nešto smo odneli i u Filadelfiju.

[Mica Milovanovic]

Većina ljudi nema osnovno znanje kako se određuju granice koje su postavljene od stane Svetske zdravstvene organizacije kao opasne za ljudsko zdravlje, a posebno nemaju novinari.

[scallop]

Opasno, rizično, škodljivo, potencijalno škodljive... Tek te razlike ne znaju.

[Petronije]

Hteo sam baš da spomenem te granične vrednosti, ali ako je ovo ozbiljna analiza kako kažete, onda su se verovatno uzimale granične vrednosti koje je propisala neka institucija koja je za to više kvalifikovana od mene, pa nisam hteo mnogo da pametujem.

Sent from my Le X626 using Tapatalk

[scallop]

Ništa nije ozbiljno osim mene. Priznajem da sam i ja jednom bacio somovinu. Naložio se nekim dizelom kao da će do Grčke,  pa bazdio kao benzinska pumpa.

[lilit]

Većina ljudi nema osnovno znanje kako se određuju granice koje su postavljene od stane Svetske zdravstvene organizacije kao opasne za ljudsko zdravlje, a posebno nemaju novinari.

kao što većina ljudi nema osnovno znanje koliko je nauka i tehnologija napredovala i koje kontrole čovek mora da ima da bi rezultat koji uključuje analizu eDNA publikovao prvo u ozbiljnom časopisu, a onda je uveo kao preporuku WHO. decenije rada bar.
što se tiče same metode, problem može biti i u database al samo ako se spuštaš na nivo vrste. redovi, klase pa i familije bakterija su siguran hit, pa čak i sa nesavršenom bazom podataka. naravno da uzorkovanje može da bude problematično, al samo ako ne znaš šta i gde treba da uzorkuješ (npr. uvek moraš da imaš i bris vazduha, a i "prazan" bris, etc. moj fetiš su uvek bile negativne kontrole, to mi je negde najbitnije u postavci eksperimenta).
da ne idem previše u detalje o dužini amplikona i phred skorovima jer bi to bilo iživljavanje  al moram da priznam da me generalizacija oko suštinski vrlo proste analize (FOTO! ) na nekom nivou veseli.






evo šta smo radili, nije voda, al princip je isti.
https://www.nature.com/articles/s41598-018-23887-1.pdf