ZNAK SAGITE — više od fantastike — edicija, časopis, knjižara...

Life goes on without 'vital' DNA

16:30 03 June 04

It is not often that the audience at a scientific meeting gasps in amazement during a talk. But that is what happened recently when researchers revealed that they had deleted huge chunks of the genome of mice without it making any discernable difference to the animals.

The result is totally unexpected because the deleted sequences included so-called "conserved regions" thought to have important functions.

All DNA tends to acquire random mutations, but if these occur in a region that has an important function, individuals will not survive. Key sequences should thus remain virtually unchanged, even between species. So by comparing the genomes of different species and looking for regions that are conserved, geneticists hope to pick out those that have an important function.

It was assumed that most conserved sequences would consist of genes coding for proteins. But an unexpected finding when the human and mouse genomes were compared was that there are actually more conserved sequences within the deserts of junk DNA, which does not code for proteins.

The thinking has been that these conserved, non-coding sequences must, like genes, be there for a reason. And indeed, one group has shown that some conserved regions seem to affect the expression of nearby genes.


Virtually indistinguishable
To find out the function of some of these highly conserved non-protein-coding regions in mammals, Edward Rubin's team at the Lawrence Berkeley National Laboratory in California deleted two huge regions of junk DNA from mice containing nearly 1000 highly conserved sequences shared between human and mice.

One of the chunks was 1.6 million DNA bases long, the other one was over 800,000 bases long. The researchers expected the mice to exhibit various problems as a result of the deletions.

Yet the mice were virtually indistinguishable from normal mice in every characteristic they measured, including growth, metabolic functions, lifespan and overall development. "We were quite amazed," says Rubin, who presented the findings at a recent meeting of the Cold Spring Harbor Laboratory in New York.

He thinks it is pretty clear that these sequences have no major role in growth and development. "There has been a circular argument that if it's conserved it has activity."


Multiple redundancy


Another possibility, as Rubin acknowledges, is that these regions serve a purpose too subtle to be seen in the tests done on mice.

"It may say as much about our inability to detect any phenotypes as it says about the function of this region," says David Haussler of the University of California, Santa Cruz, who thinks the work of Rubin's team is impressive and significant. "My sense is they do have confer some kind of advantage."

There might be a third explanation: similar regions on other chromosomes could make up for the deletions. "It could be that these elements are so critical that there is redundancy in the system," says Kelly Frazer of Perlegen Sciences in California.

Whatever the reason, it is becoming clear that there are different kinds of conserved DNA and that some will turn out to be more important than others, says Rubin.

Haussler's team recently described "ultra-conserved regions" in mammals. The level of conservation was even higher than that for many genes. "What's most mysterious is that we don't know any molecular mechanism that would demand conservation like this," Haussler says.

Sylvia Pagán Westphal, Boston
(Exclusive from New Scientist Print Edition)

Dobar tekst, pokazuje kuda otprilike ide savremena nauka. Cisto sumnjam da mis nece naprasno nastradati od neke gadne bolesti u svojoj ranoj, misijoj mladosti, ali zabavno je procitati kako naucnici u stvari nemaju blagog pojma sta sve znaci molekul DNK, dok se igraju sa njim. To im ne smeta da i dalje eksperimentisu. Ako bi naucnik 18 vijeka zabrljao, u najgorem slucao digao bi u vazduh sebe i svog segrta. Danas, u stanju je da bukvalno unisti citavu planetu. Jedini je problem sto malo ko od naucnika ima izgradjen osjecaj odgovornosti. Iako je otrcana fraza, ovo je preslikan Pandorin mit.

    Klasican scenario katastrofe nije najezda kloniranih ljudi, ili konstruisanje DNK sekvence nekog (ratnog) cudovista visokog 5+ metara, koje ce napraviti u nekoj laboratoriji, nego je u kreiranju  najjednostavnijeg virusa. Recimo, virusa SIDE koji se prenosi kijanjem, ebola virusa koji se prenosi dodirom.

     To je relativno jednostavno (a kako vrijeme prolazi, bice sve jednostavnije), postoji dovoljno ludaka koji bi htjeli to da urade  (vidi pod terorizam, stagod to bilo, jer tu mislim kako na zvanicne vlade, tako i na 'teroriste'), i stvar se izuzetno lako otrgne kontroli. U svakom sigurnosnom sistemu najslabija karika je uvijek bio i ostao covjek.

         Poslovicno depresivni Stiven Hoking u jednom intervjuu predvidja nestajanje civilizacije u sledecih 400 godina. Razlog nestajanja : virus. Iako je alegorija, Pekicevo "Besnilo" (ili Kamijeva "Kuga", cak i ocajni "Projekat Had" bezveznog Roberta Ladlama), je jedna od onih knjiga koju nikad nisam mogao da citam kao alegoriju, nego vise kao neko dokumentarno svjedocanstvo. Prosto, previse mi je realno da bi trazio skrivena znacenja.

   Pozdrav.

istina. a slazem se i sa faktom da su zvanicne vlade podjednako opasne koliko i 'teroristi' ako ne i vise. i jos kada se prizna da ljudi sve manje ispoljavaju opozicioni idealizam, dolazimo u situaciju u kojoj su sadasnje zvanicne vlade vise totalitarne nego za vreme hladnog rata.

Hm, osecaj odgovornosti... i u sprezi sa uzdrzavanjem od delanja, zbog neznanja. Tricky... Ne znam, meni je polazna pretpostavka da mi/naucnici nismo nista ni bolji ni gori od ostalog naroda. Tesko da ce ista spreciti nekoga da nesto uradi iako nema pojma o mogucnim posledicama. Istina, radoznalost i zelja da se shvati mozda nas cine nesto zagrizenijima I jedan deo esnafa prosto nema nikakve moralne norme, nikada nisu bili deo nekog drustva, verovatno uvek na minimumu socijalnih kontakata, kako bi onda imali pretstavu o drustvenoj odgovornosti? Taj segment bi, valjda, trebalo da obezbedi drustvo ovalpoceno u vladama ili CEO korporacija. Sad, koliko su oni sposobni i/ili voljni za tako nesto, pitanje je.  Mislim,  vecina motiva za delovanje je slicna uobicajenim inicijalnim kapislama reakacija laika. Cak i jedna od retkih koja se karakterise kao drasticno razlicita - ona da naucnika ne zanima ko ni zasto placa, sve dok on/ona radi u miru - mislim da je svojstvena svakom coveku. Homo - da, Sapiens - hm...

Mene cesto zdravo zaprepasti koliko se u sustini malo zna u naukama koje se meni cine da su obelezile kraj XX veka, biologiji i na nju naslanjajucoj medicini. Cini mi se da ogroman novac trosi uludo, na prostoj multiplikaciji eksperimenata koji samo treba da potvrde da su neki tabui zapravo istine. A nisu. Ne proveravaju se, cime se narusava jedno od osnovnih nacela na kojem pociva nauka. Poput anegdotskog orgomnog sadrzaja gvozdja u spanacu, "fakt" koji je decenijama prosto stajao tako, sam za sebe, a onda je konacno neko i seo da proveri... Originalni, prvi rezultati merenja imali su gresku, decimalna zapeta je nehotice, valjda, pomerena u levo. The rest is history.  Ili, drugi primer: da li i vas dvoje znate da "covek koristi samo 10% mozga"?  Tvrdnja je krajnje pojednostavljen rezultat saznjanja da neuroni cine samo 10% mase mozga, resto su glijalne celije. Za koje se smatralo da prosto, eto, samo tako, sede i nista ne rade. Pre par meseci procitam clanak o prvim rezultatima (ok, tehnika je tek sada postala dostupna) neuroloskih istrazivanja koja pokazuju da glijalne celije ne samo da "nesto" rade, vec to rade u koordinaciji sa okolnim neuronima. Da nece biti da mi ipak koristimo skoro ceo kapacitet od prirode nam dat?

Ne znam, u mozda jedinoj oblasti ljudske delatnosti gde nista ne bi smelo  da bude "od boga dato", u mnogim naukama vrvi od tabua...

Ali, zastranjujem

Quote from: "S."
Mene cesto zdravo zaprepasti koliko se u sustini malo zna u naukama koje se meni cine da su obelezile kraj XX veka, biologiji i na nju naslanjajucoj medicini. Cini mi se da ogroman novac trosi uludo, na prostoj multiplikaciji eksperimenata koji samo treba da potvrde da su neki tabui zapravo istine. A nisu. Ne proveravaju se, cime se narusava jedno od osnovnih nacela na kojem pociva nauka. Poput anegdotskog orgomnog sadrzaja gvozdja u spanacu, "fakt" koji je decenijama prosto stajao tako, sam za sebe, a onda je konacno neko i seo da proveri... Originalni, prvi rezultati merenja imali su gresku, decimalna zapeta je nehotice, valjda, pomerena u levo. The rest is history.  Ili, drugi primer: da li i vas dvoje znate da "covek koristi samo 10% mozga"?  Tvrdnja je krajnje pojednostavljen rezultat saznjanja da neuroni cine samo 10% mase mozga, resto su glijalne celije. Za koje se smatralo da prosto, eto, samo tako, sede i nista ne rade. Pre par meseci procitam clanak o prvim rezultatima (ok, tehnika je tek sada postala dostupna) neuroloskih istrazivanja koja pokazuju da glijalne celije ne samo da "nesto" rade, vec to rade u koordinaciji sa okolnim neuronima. Da nece biti da mi ipak koristimo skoro ceo kapacitet od prirode nam dat?

Ne znam, u mozda jedinoj oblasti ljudske delatnosti gde nista ne bi smelo  da bude "od boga dato", u mnogim naukama vrvi od tabua...

Ali, zastranjujem

ne mislis da je jedan od razloga za nastanak i opstanak zabluda i sklonost esnafa da impresionira neuki zivalj bombasticnim pojednostavljanjima naucnih otkrica? i preranim nudjenjem jos neproverenih informacija?


al i ja sad zastranjujem...

Mmm, da, zasenjivanje prostote... Ako to primetis kod mene, molim te da mi odmah poturis pod nos.

"Prerano" i "neprovereno" - prvo me asocira na profesora Bg univerziteta koji studentu prve godine na upit da mu nesto nije jasno iz, generalno konfuznog, predavanja odgovora sa: "Znate, ja da sada trosim vreme na vas necu. Ako stignete do cetvrte godine samo ce vam se objasniti." Cenim da je ipak bolje reci pre nego kasnije - uz ogradu da je neophodno da je je informacija potpuna.  Drugo se nadovezuje na ovo prethodno napisano i jos plus par detalja tipa ko, gde i kako proverava, koliko se ceka, i KO i KAKO DELI PARE